京都府では昭和60年度からバイオテクノロジー研究開発推進事業をスタートさせ、本事業に基づき設置された「京都府バイオテクノロジー研究推進委員会」において、「京都府におけるバイオテクノロジーの開発・利用に関する試験研究の方向」を定め、府内特産物の振興を図るため農業総合研究所を中心にバイテク研究を実施してきました。

　しかし、先端科学技術の進歩はめざましいものがあり、特に農業のバイオテクノロジーの画期的かつ急速な進展は、農業生産を飛躍的に向上させるもので、府においても最先端のバイオテクノロジーの積極的な活用が求められてきました。

　このため、遺伝子工学等の最先端のバイオテクノロジー研究を行っている大学の基礎研究部門（京都府立大学大学院農学研究科・現生命環境科学研究科）」と行政の応用研究部門（京都府農林水産部）の試験研究機関が一体となり、日本で初めて学公が一つとなった組織を持つ研究機関として「京都府農業資源研究センター」が平成9年4月、農林水産部の地方機関として設立されました。　また、昭和63年3月に制定された「関西文化学術研究都市（京都府域）の建設に関する計画」で、「南田辺・狛田地区」において研究・教育施設の整備を図るとされており、その一環として京都府農業資源研究センター等の整備が図られました。

　さらに、平成21年4月より、京都府の農林水産業にかかわる研究機関等が、発展的に統合、改編され、4つの部門から構成される「京都府農林水産技術センター」の「生物資源研究センター」として新たにスタートすることとなりました。